Μεγάλο πρόβλημα αντιμετωπίζει το ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, λόγω των περικοπών στο διδακτικό προσωπικό και των υποδομών που διαθέτει. Καθημερινά, τα αμφιθέατρα και οι αίθουσες γεμίζουν με υπεράριθμους φοιτητές, που αναγκάζονται να παρακολουθούν όρθιοι, και το διδακτικό προσωπικό να δυσκολεύεται να παραδώσει το μάθημα. Μάλιστα, σε υπάρχουν περιπτώσεις οι καθηγητές αναγκάζονται να διώξουν τους όρθιους φοιτητές και να αναπληρώσουν το μάθημα μια κενή ημερομηνία.
Το πρόβλημα των υπεράριθμων φοιτητών προέκυψε λόγω των περικοπών σε εκπαιδευτικό προσωπικό του ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης. Τα μαθήματα διδάσκονται από ελάχιστους καθηγητές, με αποτέλεσμα να υπάρχει δυνατότητα δημιουργίας τμημάτων για θεωρητικά μαθήματα. Το ίδρυμα ζήτησε επανειλημμένα την παρέμβαση του υπουργού παιδείας ώστε να προσλάβει προσωπικό αλλιώς η κατάσταση θα επιδεινωθεί.