Αντιδρά όλη η πανεπιστημιακή κοινότητα του Πανεπιστημίου Μακεδονίας λόγω των συγχωνεύσεων που θα γίνουν στο Πανεπιστήμιο. Σύμφωνα με το σχέδιο «Αθηνά» το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας θα δεχθεί συγχωνεύσεις σε πέντε τμήματα από τα οποία θα προκύψουν δύο τμήματα συναφούς αντικειμένου.
Σύμφωνα με το νομοσχέδιο «Αθηνά», το τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής του ΠΑΜΑΚ θα συγχωνευτεί με το Τμήμα Διοίκησης Τεχνολογίας , διατηρώντας την ταυτότητα του ως «Διοίκηση Τεχνολογίας» αλλά θα λειτουργεί στη Θεσσαλονίκη. Επίσης, τα τμήματα Βαλκανικών Σπουδών, Βαλκανικών, Σλαβικών και Ανατολικών Σπουδών θα συγχωνευτούν με το τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών.
Το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας τονίζει ότι υπάρχουν κοινά μαθήματα στις σχολές που συγχωνεύτηκαν αλλά το Πρόγραμμα Σπουδών και το αντικείμενο κάθε σχολής είναι πολύ διαφορετικό. Ιδιαίτερα, το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας θα προσπαθήσει να κρατήσει το τμήμα Διοίκησης Τεχνολογίας στην Νάουσα και είναι πρόθυμο να προβεί σε κινητοποιήσεις.